Berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Jawa Timur Nomor 9 Tahun 2008 tanggal 20 Agustus 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Kesehatan Daerah Provinsi Jawa Timur dan Peraturan Gubernur Nomor 118 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja UPT Dinkes Provinsi Jawa Timur tanggal 25 Agustus 2008, kedudukan Rumah Sakit Paru Dungus Madiun adalah sebagai Unsur Pelaksana Teknis Operasional Dinas Kesehatan Provinsi Jawa Timur.
RS Paru Dungus Madiun menyelenggarakan pelayanan kesehatan dengan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor: HK.07.06/III/340/08 tanggal 5 Februari 2008 tentang Pemberian Ijin Penyelenggaraan Rumah Sakit Khusus dan diperpanjang dengan Surat Izin Bupati Madiun Nomor 445/49/402.102/2014 tanggal 12 Maret 2014 tentang Ijin Operasional Sementara dengan nama “Rumah Sakit Paru Dungus” yang beralamat Dungus, Kecamatan Wungu, Kabupaten Madiun, Jawa Timur.
Berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Jawa Timur Nomor 118/765/KPTS/013/2012 tanggal 12 Desember 2012, Rumah Sakit Paru Dungus ditetapkan sebagai PPK-BLUD Penuh.
Lalu berdasarkan Peraturan Gubernur Jawa Timur Nomor 8 Tahun 2021 tanggal 1 Februari 2021, Rumah Sakit Paru Dungus ditetapkan sebagai Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) Dungus dengan klasifikasi D.
Terakhir, berdasarkan Peraturan Gubernur Jawa Timur Nomor 99 Tahun 2023 tanggal 27 Desember 2023, klasifikasi RSUD Dungus naik menjadi C.